Η κεφαλαλγία στις ημικρανίες της παιδικής ηλικίας είναι συχνά σφύζουσα (ακολουθεί τον σφυγμό) με αμφικροταφική ή μετωπιαία εντόπιση, ενώ σε ορισμένες περιπτώσεις η εντόπιση είναι οπισθοβολβική όπως σε ενηλίκους.
Δύσκολα ωστόσο τα μικρά παιδιά μπορούν να δώσουν μια ικανοποιητική περιγραφή της κεφαλαλγίας και οι γονείς συχνά περιγράφουν ότι το παιδί τους ξαφνικά πιάνει το κεφάλι του και λέει ότι "ζαλίζεται" ή ότι "νυστάζει" ενώ είναι κάτωχρο, χωρίς διάθεση να παίξει. Όπως γράφει ο Γιώργος Βάρτζελης, Παιδονευρολόγος Λέκτορας Παιδιατρικής Νευρολογίας (www. Paidiatriki.gr) συχνά το παιδί έχει ναυτία και μπορεί να κάνει κάνει εμετό, ενώ παραπονείται ότι το ενοχλούν οι δυνατοί ήχοι, τα φώτα, η κίνηση και οι έντονες μυρωδιές.
Ο ύπνος συνήθως λύνει την κρίση η οποία έχει τις πιο πολλές φορές διάρκεια λίγων ωρών. Ορισμένες φορές προηγούνται της κρίσης πρόδρομα συμπτώματα, κυρίως από τους οφθαλμούς, τα οποία ονομάζονται αύρα. Τέτοια συμπτώματα είναι λάμψεις, χρωματιστές γραμμές, θόλωση της όρασης ή και ψευδαίσθηση ότι τα αντικείμενα μικραίνουν (μικροψία) ή ότι απομακρύνονται. Συνήθως μετά από την αύρα ακολουθεί η κεφαλαλγία. Η αύρα ωστόσο είναι σχετικά σπάνια σε παιδιά μικρότερα των 8 ετών, ενώ σε εξαιρετικά σπάνιες περιπτώσεις είναι δυνατόν να υπάρχει αύρα χωρίς να ακολουθεί καφαλαλγία.
